ソレスタルビーイングと国連軍との最終決戦(ファーストシーズン)から4年。 地球連邦政府を樹立した人類は、さらなる国家の統合、人類の意思統一を目指すべく、連邦正規軍とは別に、独立治安維持部隊『アロウズ』を組織。 4年前の最終決戦で生き延びた『ソレスタルビーイング』の『刹那・F・セイエイ』は変革を促された世界の行く末を見つめていた。 しかし『アロウズ』による弾圧という名の平和、歪み続ける現実…ガンダムと共に再び戦う決意をする…