舞台は西暦2059年。数えて25番目となる超長距離移民船団『マクロス・フロンティア』。 そのフロンティアにマクロス・ギャラクシー出身のアイドル『シェリル・ノーム』が来艦。 シェリルに憧れる少女『ランカ・リー』。シェリルのコンサートに行く途中にパイロット養成コースの学生『早乙女アルト』と出会う。 そんな中、フロンティアに未知なる敵『バジュラ』が現れ、戦いに巻き込まれていく…